市场机制不够健全、效率有待提高。2000年初以来,中国证监会为了促进证券市场的市场化，推出一系列的措施对股票发行制度进行改革,逐步将新股发行的选择权从政府部门手中.转移到市场手中,由券商来进行推荐,这为股票发行的市场化迈出了重要的一步。但是,股票的发行体制仍然存在行政控制环节过多,审批程序繁杂等问题,一方面,股票市场发行体制仍然采用行政色彩较浓的核准制，发行人资格审查、发行规模、发行乃至上市时间等,在很大程度.上都由监管结构决定。另一方面，中介机构、专业机构投资者在发行定价过程中的作用没有充分发挥。此外,债券市场发行机制也存在诸多缺陷,由于不同部门制定的发行审批规则差别很大,造成不同债券发行审批标准不同,这在一定程度上阻碍了债券市场的发展。
在交易方面,中国股票市场至今缺乏做空机制,难以形成有效的套利机制,市场价格发现功能有待提高,降低了股票市场的有效性。同时，做市商制度和当日回转交易机制等也未建立。此外,与成熟市场相比,目前中国股票市场交易成本较高。以上海、深圳证券交易所市场交易的价格冲击成本(价格冲击指数)与境外市场相比较,中国股票市场的流通成本不仅高于美国英国等成熟市场,也高于印度、韩国等新兴市场。此外,银行间债券市场、交易所债券市场以及银行柜台债券市场相互连通不足,债券交易的流通性成本较高,效率较低。
此外,现有的退市制度缺乏足够的灵活性,中国资本市场正处在“新兴加转轨”的阶段,资本市场和社会环境不断发生变化,但是《公司法》的修改周期较长,退市标准在一定程度上被固化。此外现行退市制度强调连续三年亏损,这个标准对公司增强盈利能力、提示退市风险起到一定的积极作用,但是总体看来,过于强调上市公司的业绩使得标准过于僵化。同时,现行的退市标准单一,没有针对不同市场的不同退市标准,不利于多层次资本市场的形成。因此退市机制的不完善使得市场的优胜劣汰机制得不到充分的发挥。
最后,目前中国股票市场分为A股市场、B股市场、香港红筹股和H股市场,债券市场则分为银行间债券市场、交易所债券市场和银行柜台交易市场。交易之间相互分割，缺乏必要的套利机制,降低了中国股票市场和债券市场的有效性。